تاریخچه معاونت:
معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه علوم پزشکی بیرجند دارای سه حوزه فعال به شرح ذیل بوده که هر یک به نوبه خود مشغول ارائه خدمات هستند:
1-مدیریت توسعه و ارزیابی تحقیقات
بررسی روند اجرای طرح های تحقیقاتی (پایه،تجربی،بالینی،چند مرکزی و بین المللی)، بررسی و تعیین بودجه طرح های تحقیقاتی، مقالات علمی پژوهشی فارسی و انگلیسی  و نیز بررسی رعایت اخلاق در انجام پژوهش های مختلف، امور مربوط به مراکز تحقیقاتی، پذیرش هیئت علمی پژوهشی و پذیرش دانشجوی دکتری تخصصی پژوهشی را بر عهده داشته و شامل بخش های ذیل می باشد:
پنج مرکز تحقیقاتی،آزمایشگاه جامع تحقیقات،حیوان خانه، کمیته تحقیقات دانشجویی،شورای پژوهشی و کمیته اخلاق در پژوهش
2- مدیریت اطلاع رسانی پزشکی  و منابع علمی
این مدیریت انتشار اطلاع رسانی و پایش تولیدات علمی پژوهشگران دانشگاه و تامین منابع اطلاعاتی مورد نیاز را بر عهده داشته و شامل بخش های ذیل است:
گروه علم سنجی و پایش
اداره انتشارات
کتابخانه مرکزی
مرکز خدمات اطلاع رسانی
3-گروه فناوری سلامت
شامل مرکز رشد فناوری سلامت،شرکت های دانش بنیان و واحدهای فناور بوده و هدف آن ارتباط با صنعت جهت ارائه خدمات فنی و مشاوره ای و انجام طرح های تحقیقاتی و خدماتی با نهادهای برون سازمانی،حمایت از شرکت های نوپا در زمینه های تحقیقات مرتبط با علوم پزشکی و راهنمایی و مشاوره جهت انجام فعالیت های طرح های نواورانه می باشد.
 
بیانیه چشم انداز:
حوزه معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی بیرجند در نظر دارد با بهره گیری از  منابع درون و برون سازمانی ؛ دانش و همت پژوهشگران و با بهره مندی از مدرن ترین تکنولوژی های  روز به عنوان یکی از معاونت های پژوهشی مطرح کشور مطرح شده ، جهت ارتقای جایگاه پژوهشی این دانشگاه در رتبه بندیهای ملی و بین المللی تلاش نماید .
 
اهداف معاونت:
ما می خواهیم با تکیه بر اصول و ارزشهای اسلامی و اخلاقی و توجه ویژه به حرمت و منزلت پژوهشگران، از طریق ایجاد بستر مناسب برای بروز و ظهور خلاقیت ها و کشفیات ، ارتقاء سطح کیفی و کمی فعالیتهای پژوهشی را برای پژوهشگران حوزه سلامت فراهم نماییم ؛ از طریق تبادل اطلاعات علمی و بهره مندی از آخرین دستاوردهای علمی دنیا به منظور تقویت بنیه علمی پژوهشی دانشگاه موجبات ارتقاء وضعیت سلامت و اقتصاد منطقه را فراهم آورده  و در تولید دانش سهیم باشیم .
 
همچنین با توجه به موقعیت خاص منطقه کویری مصمّم هستیم با هدایت پژوهش کاربردی -  بنیادی به سمت تولید، فناوری و کاربرد گیاهان دارویی، به عنوان یک قطب پژوهشی در شرق کشور مطرح شویم.